به گزارش پايگاه اطلاع رساني دفتر مقام معظم رهبري، متن پيام حضرت آيت‌الله خامنه‌اي به اين شرح است:

بسم‌الله الرحمن الرحيم

دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ئي و دفاعي كشور جناب آقاي محسن فخري‌زاده به دست مزدوران جنايتكار و شقاوت‌پيشه به شهادت رسيد. اين عنصر علمي كم‌نظير جان عزيز و گرانبها را به خاطر تلاش‌هاي علمي بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والاي شهادت، پاداش الهي اوست.

دو موضوع مهم را همه‌ي دست‌اندركاران بايد به جِدّ در دستور كار قرار دهند، نخست پيگيري اين جنايت و مجازات قطعي عاملان و آمران آن، و ديگر پيگيري تلاش علمي و فني شهيد در همه‌ي بخش‌هائي كه وي بدان‌ها اشتغال داشت.

اينجانب به خاندان مكرم او و به جامعه‌ علمي كشور و به همكاران و شاگردان او در بخش‌هاي گوناگون، شهادت او را تبريك و فقدان او را تسليت ميگويم و علو درجات او را از خداوند مسألت مي‌كنم.

سيّدعلي خامنه‌اي

۸ آذرماه ۹۹